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SC可视化模块主要用于scRNA、snRNA和ST等非表观类型的scMultiomics数据进行可视化。其核心功能包括单细胞聚类可视化、空间多样本展示、分屏比较等可视化功能。此外，scMultiview提供了丰富绘图功能如散点图、小提琴图和气泡图等，促进了多个基因的比较分析！
数据准备(1)AnnData(h5ad)格式
该格式供了一种可扩展的方式来记录数据及其注释(annotation)，其主要包含:X, obs, var, uns等多个部分。更多解释可查询 https://anndata.readthedocs.io/en/latest/anndata.AnnData.html。
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(2)MuData(h5mu)格式
MuData是基于anndata构建的一种用于存储多个矩阵长度不同的文件格式，该格式主要为多模态数据进行开发。其主要包含了obs, var以及多个anndata对象。Obs主要存放的细胞注释信息，var主要存放了所有feature变量的注释信息,anndata用于存放单个模态相关信息，具体使用请参照：https://mudata.readthedocs.io/en/latest/api/generated/mudata.MuData.html.
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SC模块基础功能展示SC面板进入：点击客户端----> 选择SC模式
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SC模块界面基础介绍
SC面板支持由不同降维方法(如UMAP、tSNE和PCA)生成的细胞聚类图,用户可以实时缩放，调节点的数目,大小以及透明度以及查看不同细胞注释信息。此外，双屏功能能够用于跨模态数据集或者空间多样本数据比较可视化。
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功能按钮介绍：图片
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查看动态演示 ：https://sgs.bioinfotoolkits.net/document/assets/sc-panel-scBrowser-C4K7Oayz.gif
SC 模块空转数据功能介绍
SC面板支持单个或多个样本的空间组学数据可视化，允许同时展示组织切片和二维散点图。用户可以调整点大小、显示标签、切换空间切片、更改H&E图像分辨率以及查看数据注释信息。SC面板底部显示每个样本的H&E染色图像全部缩略图，用户选取特定切片进行查看。
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比较可视化(1)空间多样本可视化
SC模块分屏还允许并排比较空间切片，有助于比较ST实验中多个样本组的基因表达模式和组织切片特征。
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查看动态演示：https://sgs.bioinfotoolkits.net/document/assets/SC_spatial_comapre-DVkg97ni.gif
(1)单细胞多模态数据比较可视化
选择分屏 ---> 选择子面板切换矩阵（如峰值矩阵、基因得分矩阵、基序矩阵等） ---> 选择子面板 ---> 输入感兴趣的特征来进行跨模态比较
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查看动态演示：https://sgs.bioinfotoolkits.net/document/assets/sc_transcript_comapre-DA2VqAPU.gif
marker搜索用户可以在SGS基因搜索框中输入一个或多个基因来查看它们的表达水平。
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查看动态演示：https://sgs.bioinfotoolkits.net/document/assets/SC_gene_search-CveOinSC.gif
元信息可视化(1)Marker表
marker table信息存放：图片
Marker table基础功能介绍：marker table支持排序，检索以及点击marker基因查看表达量信息。
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(2)元数据表
meta表主要展示cell的注释信息，比如annotation，source，sample等。
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(3)细胞比例图绘制
点击cell chart ----> 选择绘图样式 ---> 选择x/y分组 ----> 点击reload查看绘图 ----> 点击lengend来隐藏标签
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查看动态演示：https://sgs.bioinfotoolkits.net/document/assets/sc-panel-meta-chart-C1B5DB-g.gif
(4)空间切片展示
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动态示例查看动态演示：https://sgs.bioinfotoolkits.net/document/assets/sc-panel-multi-slice-SzP2dNJn.gif
(5)检索基因集表达历史查看
搜索栏检索多个基因 -----> 点击feature expression查看检索过基因表达散点图历史记录
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查看动态演示：https://sgs.bioinfotoolkits.net/document/assets/SC_gene_expression-Bw50tMe9.gif
(6)单元格选择
Cell selected主要显示用户选择的带有条形码id信息的细胞子集，可以导出为csv。
查看动态演示：https://sgs.bioinfotoolkits.net/document/assets/SC_cell_selection-DirkmwZQ.gif
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